Antibiotique et probiotique : comment préserver votre flore intestinale en période de traitement ?

Depuis leur découverte au XXe siècle, les antibiotiques ont changé la médecine moderne, permettant de traiter des infections auparavant mortelles. Mais cette arme redoutable ne fait pas dans la dentelle. Elle élimine aussi bien les bactéries pathogènes que les bactéries bénéfiques de notre intestin. Résultat : un microbiote souvent déséquilibré, parfois affaibli, en particulier lors de traitements répétés ou à large spectre.

Quand les antibiotiques désorganisent la flore intestinale

Un impact direct sur la diversité bactérienne

Le microbiote intestinal est composé de centaines d'espèces bactériennes, cohabitant dans un équilibre complexe. Cet écosystème, souvent décrit comme un véritable « organe » métabolique, joue un rôle dans la digestion des fibres, la production d’acides gras à chaîne courte (AGCC), et interagit avec le système immunitaire intestinal (Cani, Nat Rev Endocrinol, 2014). Or, plusieurs études indiquent que les antibiotiques altèrent durablement cet équilibre : ils réduisent la diversité microbienne, parfois de façon significative, et peuvent favoriser l’essor de micro-organismes opportunistes (FAO/WHO, Probiotics in Food, 2006).

Une flore intestinale affaiblie… et instable

Dès les premières prises, les antibiotiques exercent une pression sélective. Ils détruisent certaines espèces sensibles, laissant le champ libre à d’autres moins bénéfiques. C’est ce qu’on appelle une dysbiose : un déséquilibre entre les bactéries utiles et les bactéries potentiellement indésirables. Selon Guarner et al. (World Gastroenterology Organisation Guidelines, 2017), cet appauvrissement microbien peut perdurer plusieurs semaines, voire plusieurs mois après l’arrêt du traitement, selon la molécule utilisée et le profil du patient.

Diarrhée et antibiotiques : un lien bien documenté

L’un des effets secondaires les plus fréquents de cette dysbiose est la diarrhée associée aux antibiotiques (DAA). Il ne s’agit pas d’un effet marginal : les données de la FAO/WHO (2006) confirment que cette complication touche une part significative des patients, en particulier lors de traitements prolongés ou à large spectre. Ce phénomène serait dû à la disparition temporaire de certaines souches protectrices (comme les lactobacilles ou bifidobactéries), facilitant la prolifération de bactéries comme Clostridioides difficile. L’étude de Wilkins (2017) souligne d’ailleurs que la réduction des bifidobactéries en période d’antibiothérapie est un facteur associé à une plus grande sensibilité aux troubles digestifs.

Des conséquences parfois prolongées

Au-delà de l’épisode aigu, des recherches s’interrogent sur les effets à plus long terme de ces déséquilibres microbiens. Selon Cani (2014) et Guarner (2017), la perte de diversité bactérienne pourrait être liée à une altération de la barrière intestinale, et à une susceptibilité accrue à certaines perturbations digestives futures. On parle ici d’hypothèses fondées sur des corrélations, et non de certitudes cliniques.

Mais l’observation récurrente de troubles digestifs post-antibiotiques, comme des ballonnements, une fatigue intestinale ou des inconforts persistants, renforce l’idée que le microbiote ne revient pas toujours à son état initial, notamment après des cures répétées.

Probiotiques et antibiotiques : une stratégie complémentaire pour rééquilibrer le microbiote

Quand le microbiote est fragilisé, certaines souches probiotiques pourraient participer à la reconstruction de la flore intestinale et limiter les effets indésirables digestifs.

Des effets potentiels sur la restauration du microbiote

Après une antibiothérapie, le microbiote peut rester déséquilibré pendant plusieurs semaines.

Dans ce contexte, des probiotiques bien choisis, c’est-à-dire des micro-organismes vivants administrés en quantité adéquate, pourraient soutenir le retour à une flore plus diversifiée. C’est ce que suggère la revue systématique de Van Zyl et al. (2021), qui souligne que certaines souches revivifiables, comme Lactobacillus rhamnosus GG ou Saccharomyces boulardii, pourraient coloniser temporairement l’intestin, interagir avec la flore résiduelle, et favoriser une recolonisation bactérienne plus équilibrée.

Prévenir certains effets secondaires digestifs

L’intérêt d'une cure de ces micro-organismes ne se limite pas à la phase de rééquilibrage. Leur administration pendant ou juste après un traitement antibiotique est aussi étudiée pour prévenir les inconforts digestifs, notamment la diarrhée.

Selon l’Institut Cochrane (Goldenberg et al., 2017), la prise de probiotiques en parallèle d’une antibiothérapie réduirait le risque de diarrhées associées aux antibiotiques (DAA) de manière significative, avec un effet plus marqué chez les personnes âgées ou hospitalisées. Les chiffres parlent d’eux-mêmes : 4 % de DAA dans les groupes probiotiques contre 11,6 % dans les groupes témoins à risque.

Un effet observé chez l’enfant comme chez l’adulte

Chez les enfants, la méta-analyse de Guo et al. (2019), portant sur 6 352 participants, montre que l’ajout de probiotiques aurait permis de réduire de moitié la fréquence des DAA (8 % contre 19 % dans les groupes sans supplémentation). Dans les cas où une diarrhée survenait malgré tout, elle durait en moyenne une journée de moins.

Ces données sont à interpréter avec prudence, mais elles ont conduit l’ESPGHAN (Société Européenne de Gastroentérologie, Hépatologie et Nutrition Pédiatriques) à recommander dès 2016 l’usage de Lactobacillus rhamnosus GG ou Saccharomyces boulardii pour la prévention des DAA chez l’enfant.

Un bien-être digestif plus stable

Au-delà des épisodes de diarrhées, certaines études observent que la supplémentation probiotique pourrait contribuer à une meilleure tolérance digestive globale pendant et après un traitement.

Les patients rapportent moins de ballonnements, de troubles du transit ou d'inconfort intestinal, selon les essais analysés dans Cochrane (2017) et Amos Aegerter (2012).

Ces observations, bien que subjectives, alimentent l’idée d’un meilleur confort intestinal lorsque certaines souches sont prises de façon adaptée.

Quelles souches choisir ?

L’efficacité d’un probiotique dépend avant tout de la souche utilisée. Tous ne se valent pas, et les effets observés sont toujours liés à des souches précises, étudiées dans un cadre clinique défini. Les plus documentées dans le contexte post-antibiotique sont :

• Lactobacillus rhamnosus GG
  
• Saccharomyces boulardii CNCM I-745
  
• Lactobacillus acidophilus
  
• Bifidobacterium bifidum et B. longum
  

Ces micro-organismes sont considérés comme revivifiables, c’est-à-dire capables de reprendre une activité métabolique une fois parvenus dans l’intestin. Leur tolérance à l’acidité gastrique et aux sels biliaires est une condition indispensable à leur efficacité.

Quand les prendre ?

La question de quand prendre les probiotiques est cruciale. Les antibiotiques étant bactéricides, ils risquent de détruire les bactéries probiotiques si elles sont prises au même moment. Pour éviter cela, les experts recommandent de les espacer d’au moins 2 heures. On peut débuter la supplémentation dès le premier jour d’antibiothérapie et la poursuivre au moins 5 à 7 jours après l’arrêt, selon le protocole suivi.

Quel dosage pour une efficacité minimale ?

Les études cliniques mentionnées fixent un seuil d’efficacité autour de 5 à 10 milliards d’UFC/jour (unités formant colonie). Ce dosage est indispensable pour obtenir une action perceptible, notamment chez les enfants. Il est d’ailleurs souvent mentionné dans les publications que les effets préventifs des DAA étaient dose-dépendants : plus le nombre d’UFC était élevé, plus l’effet était marqué (Guo et al., 2019).

Ne pas improviser la supplémentation

Le recours aux probiotiques doit rester encadré, surtout chez les populations à risque : patients immunodéprimés, en réanimation, ou porteurs de cathéters. Dans ces cas, des cas rares d’infections systémiques ont été documentés. Un avis médical est donc indispensable. Pour les enfants, l’adaptation se fait aussi selon l’âge et le stade d’introduction alimentaire.

Comment choisir un bon complément ?

Un bon probiotique comme notre complexe probiotiques et prébiotiques indique clairement les souches utilisées, leur dosage en milliards d’UFC, ainsi que la mention de leur résistance gastrique. Certains sont enrichis en prébiotiques (fibres nourrissant les bactéries bénéfiques) comme notre complexe probiotique et prébiotiques, ce qui pourrait en renforcer l’intérêt. La forme galénique (gélule, sachet, poudre) importe peu, à la condition stricte que la souche soit bien protégée et vivante jusqu’à l’intestin, sinon elle sera inutile. Par exemple, nous utilisons des gélules gastro résistantes pour assurer que les souches arrivent à bon port.