Probiotiques : dangers et effets secondaires

Ils sont partout. Dans les rayons des pharmacies, dans les smoothies au kéfir, dans les recommandations bien-être sur Instagram. Les probiotiques ont le vent en poupe. On les présente comme des alliés de l’équilibre digestif, du système immunitaire, voire même de la santé mentale. Mais sont-ils vraiment sans danger ? Pas si sûr.

Car tout ce qui est "naturel" n’est pas forcément inoffensif. Ces micro-organismes vivants, lorsqu’ils sont mal choisis, mal utilisés ou consommés par les mauvaises personnes, peuvent exposer à de réels effets indésirables, parfois graves. Infections, réactions allergiques, interactions médicamenteuses, automédication hasardeuse… les probiotiques ne sont pas des bonbons.

Qu’est-ce que les probiotiques ?

Par définition, un probiotique est un micro-organisme vivant qui, ingéré en quantité adéquate, pourrait exercer un effet bénéfique sur la santé de l’hôte, selon le rapport conjoint de la FAO et de l’OMS. En théorie, ces micro-organismes agiraient en rééquilibrant la flore intestinale, aussi appelée microbiote, un écosystème complexe hébergeant des milliers de milliards de bactéries.

Mais attention : toutes les bactéries ne se valent pas. Un probiotique, pour être appelé ainsi, doit être identifié au niveau de la souche (pas seulement du genre ou de l’espèce), démontrer un profil de sécurité, et, idéalement avoir été évalué par des essais cliniques.

Ce n’est pas le cas de tous les produits vendus librement sur le marché.

On retrouve principalement trois grandes familles de probiotiques :

• des bactéries lactiques comme Lactobacillus et Bifidobacterium,
  
• des levures, notamment Saccharomyces boulardii,
  
• des bacilles sporulés, comme Bacillus clausii.
  

Chacune possède ses particularités, ses usages, mais aussi ses contre-indications.

L’importance du microbiote intestinal

Le microbiote intestinal humain est souvent présenté comme un organe à part entière. Il participe à de nombreuses fonctions, telles que la digestion, la production de vitamines, la barrière contre les pathogènes ou encore la modulation du système immunitaire. Un déséquilibre de ce microbiote, appelé dysbiose, a été associé à plusieurs troubles de santé (études [PMC11153801], [PMC2918342]).

C’est précisément pour tenter de « corriger » ou moduler cet écosystème que les probiotiques sont consommés. Mais il faut comprendre que le microbiote est propre à chacun : il évolue selon l’âge, l’alimentation, l’état de santé, la prise d’antibiotiques… Ce qui fonctionne chez l’un peut être délétère chez l’autre.

Par exemple, une supplémentation inappropriée peut entraîner une colonisation transitoire de l’intestin par des souches exogènes, perturber la diversité microbienne naturelle, et dans certains cas, favoriser l’apparition de symptômes digestifs (flatulences, diarrhée paradoxale, douleurs abdominales [Nutrients 2019;11(12):2913]).

Les types de souches de probiotiques

Ce point est essentiel. Car la sécurité et l’effet potentiel d’un probiotique dépendent de la souche spécifique utilisée. Il ne suffit pas qu’un produit contienne « du lactobacille » pour qu’il soit utile, et encore moins sûr.

Voici quelques exemples de souches couramment utilisées, avec les données disponibles sur leurs effets indésirables documentés :

Genre	Souches courantes	Effets indésirables rapportés
Lactobacillus	L. rhamnosus GG, L. acidophilus NCFM	Cas de bactériémies et endocardites chez sujets à risque ([PMC5612357], [Cureus 2023])
Bifidobacterium	B. bifidum, B. longum, B. lactis	Cas de septicémies néonatales ([NeoMed 2015])
Saccharomyces	S. boulardii CNCM I-745	Fungémies hospitalières, réactions allergiques graves ([Springer 2019], [PMC8066586])
Bacillus	B. clausii, B. subtilis	Infections opportunistes chez immunodéprimés ([PMC7523625])

Dans tous les cas, le simple fait d’être « naturel » ne garantit ni innocuité ni efficacité.

Ces souches peuvent interagir avec l’hôte, surtout si ce dernier présente une fragilité particulière (voir plus loin). La qualité de fabrication, le contrôle des souches, la dose et la voie d’administration jouent également un rôle majeur.

C’est pourquoi certaines autorités scientifiques insistent sur l’importance d’une traçabilité souche-niveau, d’essais cliniques publiés et de monographies de référence, comme celles proposées par l’USP (United States Pharmacopeia).

Effets indésirables des probiotiques

Effets secondaires courants

Les probiotiques n'ont pas le profil de sécurité d’un verre d’eau. Même lorsqu’ils sont correctement sélectionnés et consommés dans des conditions standard, ils peuvent entraîner des effets secondaires bénins, en particulier lors des premières semaines de prise.

Les symptômes les plus rapportés sont des :

• ballonnements,
• des flatulences,
• des douleurs abdominales,
• ou encore une diarrhée paradoxale (au lieu d’un effet antidiarrhéique escompté) , parfois suivie d’une constipation transitoire.

Ces réactions sont généralement liées aux modifications fermentaires dans le côlon, induites par la soudaine introduction de bactéries exogènes [Nutrients 2019;11(12):2913, Fermentation 2024;10(518)].

Chez les personnes sensibles, ces troubles peuvent persister ou s’aggraver, notamment lorsque le produit contient plusieurs souches ou des doses très élevées (>10^10 CFU/j).

Il faut également rappeler que la majorité des essais cliniques sur les probiotiques sont conduits sur des durées de 4 à 8 semaines. Les cures prolongées n’ont pas de justification scientifique solide en population générale.

Réactions allergiques et sensibilité

Contrairement à une idée reçue, les probiotiques peuvent déclencher des réactions allergiques.

Plusieurs cas cliniques rapportent des urticaires, éruptions cutanées, œdèmes, éosinophilies, voire réactions IgE-dépendantes immédiates après ingestion de certaines souches, notamment Saccharomyces boulardii [Wiley 2014;4(S3):P100, Am J Case Rep 2019].

Les patients présentant un terrain atopique, des antécédents allergiques alimentaires ou une sensibilité aux protéines de lait semblent plus exposés. Certains compléments contiennent en effet des traces de lait, de soja ou d’autres excipients potentiellement allergènes, parfois mal mentionnés sur l’étiquetage.

La combinaison de plusieurs souches dans un même produit augmente la charge antigénique totale, ce qui pourrait théoriquement accroître le risque de sensibilisation, bien que ce lien reste à explorer [MDPI 2023;28(3):1242].

En cas de doute, un bilan allergologique est recommandé avant toute supplémentation, en particulier si des antécédents de réaction sévère sont présents.

Probiotiques et interaction avec les antibiotiques

Le lien entre probiotiques et antibiothérapie est complexe. S’ils sont parfois utilisés pour prévenir les diarrhées associées aux antibiotiques, certaines données mettent en lumière des interactions peu connues mais préoccupantes.

D’abord, certaines souches de Lactobacillus ou Enterococcus hébergent des gènes de résistance aux antibiotiques situés sur des plasmides. Ces éléments sont potentiellement transférables à des bactéries pathogènes dans le microbiote, contribuant à l’antibiorésistance [Tandfonline 2023;10.1080/19490976.2023.2185034].

Ensuite, certains probiotiques producteurs de D-lactate (notamment L. acidophilus) peuvent induire une acidose lactique chez les sujets souffrant de syndrome de l’intestin court, conduisant à une encéphalopathie lactique ou à des symptômes neurologiques (« brain fog ») [Pediatrics 2018;142(3):e20180337].

Enfin, les dernières études montrent que les probiotiques ne rétablissent pas toujours la diversité microbienne après une antibiothérapie, et pourraient même retarder la reconstitution naturelle du microbiote, surtout en cas d’usage systématique post-ATB [Cell 2023;PMC10355080].

Populations vulnérables face aux probiotiques

Les effets indésirables graves des probiotiques sont rares, mais lorsqu’ils surviennent, ils concernent presque toujours des personnes fragiles.

Enfants et probiotiques

Les nourrissons prématurés et les nouveau-nés à risque sont particulièrement exposés.

Des cas de septicémies à Lactobacillus rhamnosus, Bacillus clausii ou S. cerevisiae ont été décrits en contexte hospitalier, notamment chez des bébés porteurs de cathéters centraux ou hospitalisés en néonatalogie [NeoMed 2015;22(3):173, Springer 2019].

Le risque de nécrose intestinale a également été mis en évidence chez des prématurés ayant reçu des formules enrichies en probiotiques mal contrôlés [Springer 2022;10.1007/s00431-022-04452-5].

Même dans des indications bénignes comme les coliques infantiles ou l’eczéma atopique, l’efficacité des probiotiques reste inconstante, selon les études [Frontiers 2025;1502390, PMC11913692].

En dehors d’un cadre pédiatrique strictement encadré, leur usage chez l’enfant doit être évité sans avis médical.

Adultes âgés et flore intestinale

Le vieillissement s’accompagne de modifications du microbiote, d’une perméabilité intestinale accrue, et de comorbidités comme l’hypertension, le diabète ou la dénutrition. Ces facteurs fragilisent la barrière intestinale et peuvent faciliter l’invasion systémique de bactéries exogènes.

Des cas d’endocardites à Lactobacillus casei ont été rapportés chez des patients âgés, en bonne santé apparente, mais sous cures prolongées de probiotiques [Cureus 2023]. Ces infections, bien que rares, rappellent que le microbiote sénescent n’a pas la même capacité de résilience qu’un microbiote jeune.

La prudence est d’autant plus justifiée que la polymédication fréquente à cet âge augmente le risque d’interactions et complique le diagnostic en cas d’infection.

Personnes immunodéprimées

C’est le groupe à plus haut risque. Les patients atteints de leucémie, les greffés d’organe, les porteurs du VIH ou les personnes traitées par immunosuppresseurs (corticoïdes, biothérapies) ne doivent jamais prendre de probiotiques sans avis médical spécialisé.

Une étude cas-témoin a montré que l’odds ratio de développer une septicémie était multiplié par 127 chez les utilisateurs de probiotiques immunodéprimés, comparés aux non-utilisateurs [Cambridge Core 2021].

Les levures comme Saccharomyces boulardii sont particulièrement concernées : plusieurs cas de fongémies mortelles ont été documentés chez des patients greffés de moelle ou porteurs de cathéters centraux [Wiley 2014;4(S3):P100, Springer 2019].

Dans ces contextes, la colonisation du tube digestif par des souches probiotiques, même "bénéfiques", peut devenir une porte d’entrée infectieuse majeure. Toute supplémentation doit faire l’objet d’une évaluation bénéfice-risque personnalisée, appuyée par des données de sécurité solides.

Dangers des probiotiques non testés

Manque de réglementation des compléments alimentaires

Le terme "probiotique" ne bénéficie d’aucune allégation de santé autorisée par l’EFSA. En Europe, un complément contenant des bactéries vivantes est commercialisé comme simple complément alimentaire, sans obligation de prouver son efficacité ni même sa sécurité sur le long terme.

En pratique, cela signifie que deux produits aux promesses similaires peuvent différer radicalement en termes de qualité, de traçabilité, de concentration réelle en souches viables ou de critères microbiologiques. Les autorités nationales effectuent des contrôles ponctuels, mais aucun contrôle systématique n’a lieu avant la mise sur le marché.

Aux États-Unis, le statut est encore plus permissif : les probiotiques sont considérés comme GRAS (Generally Recognized As Safe). Or, la plupart des souches ne font l’objet d’aucune monographie obligatoire. Résultat : la mention "probiotique" peut être apposée sur un produit sans démonstration préalable d’innocuité, à moins qu’un problème ne survienne a posteriori.

Études et évaluations de sûreté des produits

Un rapport ayant passé en revue 387 études cliniques a montré que la documentation des effets secondaires est souvent incomplète, voire absente [PMC4780970]. Très peu d’études publient une analyse toxicologique rigoureuse, encore moins sur les produits multi-souches.

Des cas de contamination bactérienne ou fongique ont déjà conduit à des rappels produits, notamment pour des compléments contenant Cronobacter sakazakii, un pathogène dangereux pour les nourrissons [FDA, 2023].

De plus, l’étiquetage est parfois trompeur sur le nombre réel de bactéries viables, avec une variation pouvant atteindre un facteur 10 par rapport à la valeur annoncée [Front Microbiol 2020;11:1662].

Recommandations pour une utilisation sécurisée des probiotiques

Choisir des produits de qualité

La première condition pour un usage sûr passe par le choix rigoureux du produit. Un probiotique de qualité doit mentionner le nom de la souche complète, comme Lactobacillus rhamnosus GG ATCC 53103 ou Saccharomyces boulardii CNCM I-745. Sans cette indication, il est impossible de vérifier si des études cliniques ont été menées.

Il est également essentiel de s’assurer que le produit :

• Garantit la viabilité des souches jusqu’à la date de péremption, pas seulement à la fabrication.
  
• Utilise des souches documentées, avec des essais cliniques publiés.
  
• Évite les mélanges inutiles, notamment si aucune synergie n’a été démontrée.
  

Les probiotiques rigoureusement sélectionnés, comme ceux que nous proposons, respectent ces exigences : identification souche-niveau, traçabilité complète, stabilité prouvée, contrôle qualité sur chaque lot. Aucun excipient inutile, pas d’allergènes cachés, et des études indépendantes sur les souches utilisées.

Ce niveau d’exigence est fondamental si l’on souhaite une action ciblée, réversible et sans risque.

Consultation médicale avant utilisation

Certaines personnes ne devraient jamais commencer une cure de probiotiques sans avis médical :

• Nourrissons prématurés,
  
• Patients porteurs de cathéters veineux,
  
• Personnes immunodéprimées (greffes, VIH, biothérapies, etc.),
  
• Sujets ayant des antécédents d’endocardite ou de valvulopathie non opérée.
  

En cas de doute, un médecin ou pharmacien pourra évaluer la balance bénéfice-risque, proposer un choix adapté de souche, et surtout exclure les profils à risque de septicémie ou de réaction allergique.

Chez les patients atteints de syndrome de l’intestin court, un suivi biologique est nécessaire pour éviter l’accumulation de D-lactate, produit par certaines souches de Lactobacillus, et responsable dans de rares cas d’acidose métabolique et de troubles neurologiques.

Suivre les dosages recommandés

Contrairement à ce que prétendent certains slogans marketing, plus n’est pas mieux. Chaque souche a un dosage efficace documenté, généralement exprimé en CFU (colony-forming units). Les études montrent que des doses allant de 10^8 à 10^10 CFU/jour sont suffisantes dans la majorité des cas [PMC6532828, PMC3863752].

La durée de prise dépend également de l’indication :

• 7 à 14 jours pour prévenir une diarrhée liée aux antibiotiques,
  
• 21 à 28 jours pour les coliques du nourrisson ou les épisodes de transit perturbé,
  
• 8 à 12 semaines pour certains troubles fonctionnels comme l’IBS-C.
  

Il n’existe aucune justification scientifique pour des cures annuelles ou permanentes chez les personnes en bonne santé.

Respecter les protocoles validés permet non seulement de maximiser les bénéfices espérés, mais aussi de réduire les risques liés à la perturbation chronique du microbiote ou à une exposition prolongée à des antigènes bactériens.